Людовик Орландо (Ludovic Orlando) из Копенгагенского университета и его коллеги секвенировали геномы древних лошадей с Таймыра (их останки датируются 14-м и 41-м тысячелетиями до нашей эры) и сравнили их с геномами пяти современных пород и лошади Пржевальского (единственного ныне живущего потомка вымерших диких лошадей Евразии).
Ученые выявили как минимум 125 участков, изменившихся под влиянием одомашнивания. Первая группа генов связана с развитием мышц, суставов, конечностей, а также сердечно-сосудистой системы. Эти гены изменились под воздействием новых физических нагрузок, возникших из-за использования лошади в хозяйственной деятельности. Вторая группа генов затрагивает социальное поведение, обучаемость, реакцию страха, уровень агрессии — именно они, скорее всего, обеспечили превращение дикой лошади в смирное животное, понимающее команды человека.
Наконец, в геномах современных лошадей нашли множество вредоносных мутаций. По всей видимости, такова цена инбридинга (близкородственных скрещиваний), неизбежного при искусственном отборе. Этот факт еще раз подтвердил гипотезу о цене одомашнивания, проверенную в ходе исследования геномов риса, помидоров и собак: демографические ограничения популяции, неизбежные при выборе особей для приручения, приводят к ослаблению «очищающего» естественного отбора.
В 2001 году шведские биологи представили результаты сравнительного исследования митохондриальной ДНК ныне живущих и ископаемых лошадей. Генетическое разнообразие этого вида оказалось большим, чем у других домашних животных. Авторы предполагают, что либо одомашнивание происходило независимо в разных местах, либо к генотипу многократно добавлялись гены кобыл, отловленных в дикой природе.
Одомашнивание лошадей в Евразии произошло, по разным оценкам, в IV-III тысячелетии до нашей эры. Со временем люди освоили езду верхом, изобрели седло и стремена (в IV веке нашей эры).