Специалисты пришли к выводу, что при сравнении геномов могут быть получены только ограниченные знания о древних одноклеточных организмах, включая бактерии и археи. Ученые проанализировали тысячи филогенетических деревьев, построенных на основе сходства ДНК тысяч микроорганизмов, чтобы идентифицировать самые древние гены и проследить за их эволюцией.
Оказалось, что на ранней стадии эволюции живых организмов разные типы генов менялись с разной скоростью. Это значит, что частота ранних мутаций была намного выше, чем в настоящее время. Таким образом, жизнь развивалась очень быстро, и это осложняет картину, как именно археи и бактерии получали энергию для жизнедеятельности и в какой среде они обитали.
Биологи классифицируют все живые организмы на три основные группы, которые называются доменами. Два из этих доменов — бактерии и археи — состоят из одноклеточных организмов, а третий — эукариоты — включает в себя большинство многоклеточных организмов. Эукариоты эволюционировали сравнительно недавно, однако история первых двух доменов остается малоизученной.