Российский вариант коронавируса SARS-CoV-2 оказался генетически близок европейскому
Новый коронавирус на 80 процентов генетически вирус похож на возбудителя атипичной пневмонии SARS-CoV, который вызвал эпидемию в 2003 году, при этом он, как и другие вирусы, непрерывно эволюционирует. За время, прошедшее с начала вспышки, возникло уже несколько десятков генетических вариантов (увидеть генеалогическое древо вируса можно на сайте GISAID), хотя все эти варианты не слишком сильно отличаются друг от друга.
Несколько дней назад Институт гриппа объявил, что ученые получили первый полный геном коронавируса SARS-CoV-2 из образцов, взятых у пациента из России. По словам Андрея Комиссарова, РНК вируса была выделена 15 марта в Санкт-Петербурге из носоглоточного мазка, взятого у тридцатилетней женщины. Еще несколько дней потребовалось для перепроверки и «пересборки» генома: в этом оказали помощь коллеги из Центра биоинформатики и алгоритмической биотехнологии СПбГУ.
«Мы обнаружили пять несинонимичных замен в геноме по сравнению с китайским вариантом, это довольно немного», — сказал Комиссаров. По его мнению, маловероятно, что найденные отличия смогут настолько серьезно изменить вирус, чтобы это потребовало менять подходы к разработке вакцины. Ученые намерены создать российский консорциум для секвенирования вирусов SARS-CoV-2 и приглашают к участию другие научные организации, работающие в сфере NGS.
В свою очередь, сотрудник Института проблем передачи информации Георгий Базыкин совместно с коллегами проанализировал особенности российского штамма. По своим генетическим характеристикам, говорит он, российский вирус «находится внутри большой преимущественно европейской клады, с большим числом базальных европейских последовательностей». Его слова подтвердил и Комиссаров: «Да, он группируется с европейскими сиквенсами клады G».
«Преобладание базальных европейских последовательностей по соседству с нашей — сильное свидетельство в пользу завоза в Россию из Европы. При этом клада, в основание которой попала питерская последовательность, довольно интересная: в нее попадают последовательности из известной «второй» вспышки близкородственных штаммов из штата Вашингтон. Похоже, что группа близких европейских штаммов распространилась в нескольких очень разных направлениях (super-spreading event в аэропорту?). Очень нужно больше секвенированных штаммов, чтобы узнать детали; по мере появления дополнительных данных картина будет уточняться», — пишет Базыкин.