Пустынские озера — уникальная система водоемов карстового происхождения, единственная в европейской части России. На территории заказника встречаются растения и животные, занесенные в Красную книгу.
Статус национального парка позволит усилить контроль за пребыванием людей на его территории — сейчас весь заказник охраняет всего один егерь. Правда, из каких источников и в каком объеме будет финансироваться национальный парк, — пока не сообщается.