Ряд полномочий Минприроды России в области организации, функционирования, охраны и использования части территории национального парка «Лосиный остров» переданы уполномоченному исполнительному органу г. Москвы. В их числе: согласование вопросов социально-экономической деятельности хозяйствующих субъектов на территории парка; выдача разрешений на строительство; установление ограничений пользования животным миром; регулирование численности охотничьих ресурсов.
Также утвержден порядок согласования Правительством РФ размещения на части территории национального парка объектов капитального строительства.
Для осуществления Росгидрометом государственного фонового мониторинга состояния многолетней (вечной) мерзлоты на базе государственной наблюдательной сети службы будет создана подсистема государственного фонового мониторинга состояния многолетней (вечной) мерзлоты системы государственного экологического мониторинга.