Вопрос о необходимости создания на Сахалине заповедника федерального значения неоднократно высказывался учеными в связи с интенсивным хозяйственным освоением острова, но особую актуальность приобрел после заключения в 1974 году межправительственной конвенции между СССР и Японией об охране гнездовий и зимовок морских колониальных птиц, а также среды их обитания.
За несколько лет до учреждения особо охраняемой природной территории Центрально-изыскательной экспедицией Главохоты РСФСР было проведено обследование Поронайского района с целью выявления наиболее подходящих для создания заповедника мест.
Территория заповедника включает полуостров Терпения, южную часть Восточно-Сахалинских гор, наиболее широкую часть Тымь-Поронайского дола. Основную часть ООПТ – около 70% – покрывают леса. Встречаются и участки тундры с мощным слоем торфа высотой более четырёх метров. Их защита от пожаров – одна из главных задач отдела охраны в летний период. Имеется также сильно разветвленная сеть рек и большое количество озер. Наивысшая точка заповедника – гора Высокая (350 м над уровнем моря).
«Сахалин известен на весь мир красотой своей природы. Каждый, кто хоть раз побывал на острове, хотел бы посетить его снова и снова. Тундра и тайга, Тихий океан, нерестовые реки и чистейшие озёра, колонии птиц и лежбища тюленей. Здесь сформировались уникальные системы – сахалинская кабарга, белоплечий орлан, дикуша и дальневосточный кроншнеп являются эндемиками Дальнего Востока. Задача – сохранить биоразнообразие этого места. Огромный вклад в общее дело вносят сотрудники Поронайского заповедника», – прокомментировал глава Минприроды России Александр Козлов.
Становление Поронайского заповедника как научно-исследовательского учреждения происходило в начале 1990-х годов. За годы функционирования ООПТ учеными заложена сеть постоянных и временных (сезонных) учетных маршрутов. Кроме многолетнего изучения орнитофауны постепенно были определены направления научной работы. С 2013 года начато изучение влияния прибрежного промышленного рыболовства на наземные экосистемы заповедника. Приоритетными направлениями являются исследования экологии и биологии редких видов птиц (прежде всего, белоплечего и белохвостого орланов, скопы), паспортизация гнезд редких видов птиц и мониторинг их заселения, изучение миграционных путей перелетных птиц Северо-Восточной Азии.
В сотрудничестве с привлеченными специалистами в заповеднике проводятся геологические, ботанические энтомологические исследования. Существенную помощь в изучении природных комплексов оказывают студенты, проходящие полевую практику в заповеднике.
В 2013 году в заповеднике был создан сектор экологического просвещения – его сотрудники ведут активную работу с посетителями ООПТ, выстраивают сотрудничество с образовательными учреждениями региона, органами государственной власти и местного самоуправления. Работа со школьниками направлена на привлечение детей к природоохранной деятельности, расширение их экологического кругозора, развитие соответствующих знаний, умений и навыков, содействие профессиональной ориентации учащихся.
При административном здании ООПТ создан информационно-визитный центр, на базе которого регулярно проводятся эколого-просветительские мероприятия для местных жителей и гостей Сахалина. Заповедник активно сотрудничает с городским краеведческим музеем, библиотеками, с органами государственной власти и местного самоуправления.
Важным направлением деятельности отдела охраны заповедника является разъяснительная работа с местным населением. Отдел тесно сотрудничает со всеми структурными подразделениями заповедника и с населением, проживающим на сопредельной территории, а также другими районными структурами, занимающимися охраной природы.
Результатом взаимодействия заповедника с администрацией Поронайского района стало строительство контрольно-пропускного пункта на въезде в охранную зону ООПТ.
«30 марта 2023 года исполняется 35 лет со дня образования государственного заповедника "Поронайский". Был пройден нелегкий путь. На сегодняшний день заповедник стабильно выполняет возложенные на него задачи. Хотелось бы поблагодарить всех сотрудников, работавших за эти долгие 35 лет и работающих в данное время в нашем учреждении, за вклад в сохранение ценных экологических систем заповедной территории», - отметил директор заповедника «Поронайский» Андрей Душин.