Дальневосточный аист - одна из самых редких птиц Дальнего Востока России. Вид находится под угрозой исчезновения и занесен в Красную книгу Российской Федерации, Красный список Международного союза охраны природы, Приложение I Конвенции о международной торговле видами дикой фауны и флоры, находящимися под угрозой исчезновения, от 03.03.1973 года.
Главная угроза существованию вида – разрушение местообитаний: осушение болот, вырубка деревьев, разорение гнезд и лесные пожары, разрушающие гнездовые и кормовые биотопы аиста.
По оценкам Международной организации по защите птиц и сохранению их среды обитания (Birdlife International), мировая численность дальневосточного аиста в конце 20 века оценивалась в 2,5 тысячи взрослых птиц. В 2018 году она (включая птенцов) достигла 6 тыс. птиц, из которых по расчетам 4,5-4,7 тысячи приходится на российскую популяцию.
В 2018-2019 годах специалисты российской рабочей группы по дальневосточному аисту при поддержке Всемирного фонда дикой природы провели учет редкого вида на всем ареале в бассейне реки Амур. Полученные данные легли в основу стратегии сохранения дальневосточного аиста, разработанной при участии Росзаповедцентра Минприроды России. К 2030 году поставлены следующие целевые показатели: численность популяции вида в России стабильно высокая и составляет не менее 1000 гнездящихся пар (в 2018 году - 775-875 пар); площадь ООПТ, сохраняющих пригодные для обитания аистов водно-болотные угодья, увеличена на 2 500 кв. км (+15%) и достигла 20 000 кв. км (в 2018 году – 17 391 кв. км); сеть ООПТ сохраняет не менее 50 % гнезд дальневосточных аистов (в 2018 году – 41%).
Реализация стратегии будет проходить в два этапа. На первом этапе (2021-2024 годах) основные усилия предусматривается сосредоточить на выявлении концентраций мест гнездования дальневосточного аиста, а также совершенствовании сети ООПТ для их охраны и завершении оценки и пригодности местообитаний дальневосточного аиста в историческом ареале. На втором этапе (2025-2030 годах) планируется обеспечить совершенствование нормативно-правового регулирования в рамках решаемых задач и формирование условий для комплексного решения проблемы утраты качества водно-болотных угодий в бассейне Амура.
Разработка индивидуальных стратегий для ряда редких видов предусмотрена стратегией сохранения редких и находящихся под угрозой исчезновения видов животных, растений и грибов на период до 2030 года, утвержденной Правительством России в 2014 году. Кроме того, в 2020 году Минприроды России издало актуальный перечень объектов животного мира, занесённых в Красную книгу России, где применены новые подходы и введены три категории статуса краснокнижных животных. Для видов, получивших первый природоохранный статус, предполагается разработка индивидуальной стратегии сохранения или программы восстановления.