По мнению Нормы Фаулер и Тима Китта, профессоров кафедры интегративной биологии Техасского университета в Остине, и их коллег, если вдоль 1900 км границы построят стену, это вызовет дробление, деградацию и разрушение среды обитания многих видов флоры и фауны. Конгресс только что принял решение о том, что заграждения не будут возводиться на территории Национального резервата дикой природы Санта-Ана, однако стена появится на многих других участках, большинство из которых относится к Национальному резервату дикой природы нижней долины Рио-Гранде. "Стена до сих пор проходила либо через города, либо через пустыни. Но в случае Рио-Гранде — это совершенно другое дело, — говорит Фаулер. — У нас высокий уровень биоразнообразия благодаря реке…"
Особое беспокойство специалистов вызывает экосистема тамаулипасского колючего кустарника (Tamaulipan thornscrub) на юге штата. Она медленно исчезает из-за роста городов и ферм. Стена может нарушить доступ зависящих от этой экосистемы видов флоры и фауны ко многим из последних сохранившихся участков. Исчезающий дикий цветок Physaria thamnophila растет именно там, где предлагается построить стену, — как и редкий вид кактуса Coryphantha ramillosa. Местная популяция оцелота серьезно пострадала из-за разрушения среды обитания: по оценкам Департамента парков и дикой природы Техаса, на территории штата осталось не более 120 особей. Стена может спровоцировать дальнейшее снижение их численности. Заграждения разделят американские и мексиканские популяции черного медведя — некоторые их них окажутся слишком малы, чтобы сохраниться.
В пойме Рио-Гранде стену, вероятно, строить не будут, и ее придется возводить на значительном расстоянии от реки — иногда более чем на 1,5 км. Это может нанести ущерб прибрежной экосистеме, поскольку многие животные не смогут добраться до Рио-Гранде, а также будет закрыт доступ экотуристам в отдельные природоохранные зоны. В то же время, если заграждения построят слишком близко к берегу, они могут заманить в ловушку диких животных, спасающихся от паводка, или даже выступить в качестве «дамбы», усиливающей наводнение. Нижняя долина Рио-Гранде — главное место наблюдения за редкими тропическими птицами — например, перуанской разноцветной сойкой и черногорлым цветным трупиалом. Исследование, проведенное в 2011 году Техасским университетом A&M, показало, что экотуризм, в основном орнитологический, принес более $344 млн только на этой территории.
По мнению авторов публикации, негативные последствия можно уменьшить, ограничив масштабы строительства, проектируя стены, дозволяющие проход животных, и заменяя физические барьеры менее пагубными альтернативами, такими как электронные сенсоры.