Целью создания природного резервата является сохранение уникальных островных экосистем Арктики, имеющих большое природоохранное и научное значение. На архипелаге обитают и размножаются многие виды животных, в том числе требующие особой охраны. Кроме того, под охрану будут взяты историко-культурные объекты, связанные с периодом открытия и изучения островов.
На Новосибирских островах находятся крупнейшие в мире россыпи мамонтовой кости и останков других животных эпохи плейстоцена. А на острове Жохова, входящем в состав архипелага, найдена стоянка людей каменного века, живших примерно семь тысяч лет назад. Это самая северная из известных стоянок древнего человека. Также на островах обнаружены геологические памятники природы, которые представляют эстетическую ценность.
В пояснительной записке сказано, что принятое решение создаст правовые основания для обеспечения режима особой охраны природных комплексов и объектов на землях, включенных в границы заказника.