В научной биографии А.В. Яблокова можно выделить несколько крупных самостоятельных (хотя и перекрывающихся) направлений исследований: в области функциональной анатомии и сравнительной морфологии, в области популяционной биологии, в области теории эволюции и в области теории охраны живой природы.
Свою научную деятельность он начал в лаборатории под руководством профессора С.Е. Клейненберга с изучения морфологии морских млекопитающих. Первые научные статьи были написаны Яблоковым еще в студенческие годы. Они показали одну особенность, характерную и для позднейших работ, – поиск нестандартных, необычных решений рассматриваемой проблемы.
В 1960-е годы Яблоков выдвинул семь оригинальных гипотез относительно функциональной морфологии морских млекопитающих. Сканирование современной литературы показало, что одна его гипотеза подтвердилась частично, одна до сих пор дебатируется, и три полностью подтвердились: адаптивные типы окраски китообразных; вибриссы ластоногих и китообразных как орган не только тактильный, но и гидролокационный; гортанные мешки у усатых китов и их функционирование в качестве генератора инфразвуков.
А.В. Яблоков широко пропагандировал подход, предполагающий, во-первых, комплексное, всестороннее изучение каждого вида, а во-вторых, исследование внутрипопуляционной изменчивости биологических показателей. Такой подход был реализован при исследованиях белухи. В результате была написана монография «Белуха (опыт монографического исследования вида)» в соавторстве с С.Е. Клейненбергом, В.М. Бельковичем и М.Н. Тарасевич (1964). Книга послужила примером всестороннего изучения отдельных видов млекопитающих и стимулировала появление работ подобного плана по другим видам морских и наземных млекопитающих.
Благодаря широте интересов, оригинальности идей и заразительной энергии А.В. Яблокова в 1960-1970-е годы лаборатория постнатального онтогенеза Института биологии развития им. Н.К. Кольцова РАН (сначала руководимая С.Е. Клейненбергом, а с 1968 г. – А.В. Яблоковым) стала центром притяжения. В те годы советские биологи публиковали свои статьи почти исключительно в советских научных журналах, но работы по морским млекопитающим быстро переводили за рубежом.
При изучении морских млекопитающих ученый все больше и больше внимания уделял структуре популяций и внутривидовой изменчивости, и в 1965 году опубликовал монографию «Изменчивость млекопитающих» (переведена в США в 1974 г.). В ней собраны и проанализированы данные о популяционной изменчивости практически всех систем органов млекопитающих всех отрядов, описаны подходы к ее изучению и закономерности проявления. Область своих исследований Яблоков определил как «популяционную морфологию», и с тех пор этот термин вошел в научное употребление.
В 1973 году А.В. Яблоков и Н.В. Тимофеев-Ресовский сформулировали основы нового направления популяционной биологии – фенетики природных популяций, которая мыслилась как распространение генетических подходов и принципов на виды и формы, генетическое изучение которых затруднено или невозможно. Специфика подхода состоит в выделении фенов – дискретных вариаций признаков, которые отражают генетическую конституцию особи, и частоты которых характеризуют популяцию. На уровне вида этот подход позволяет заниматься феногеографией – анализом распространения частот фенов. Популяционно-фенетический подход казался весьма эффективным и был использован многими исследователями структуры природных популяций и межпопуляционных отношений животных разных систематических групп.
Практическим применением фенетических методов стала серия работ А.В. Яблокова и А.С. Баранова про изучение признаков дерматоглифа носогубного зеркала крупного рогатого скота. В результате ими были разработаны способы определения породы, пола и продуктивности крупного рогатого скота по характеру рисунка носогубного зеркала, зарегистрированные как изобретения в Бюро патентов СССР.
Ограничения применения фенетического подхода, отмечавшиеся самими создателями популяционной фенетики, связаны со сложностью соотношений гена и фена. Если бы не развитие методов анализа ДНК, позволяющих непосредственно исследовать структуру генома любых организмов, фенетический подход получил бы более широкое применение. Однако и сейчас он может с успехом применяться и применяется при изучении популяционной структуры видов и для выявления ситуаций, требующих углубленного анализа с использованием молекулярно-генетических методов. Достоинство фенетического подхода состоит еще и в том, что часто он позволяет исследовать структуру популяций, не умерщвляя и не травмируя животных. Перспективам использования «неинвазивных» методов посвящена сводка А.В. Яблокова и В. Эванса, опубликованная на английском языке в 2004 году.
С самого начала своей научной деятельности А.В. Яблоков стремился рассматривать наблюдаемые факты в эволюционном аспекте. Позднее его интерес к проблемам эволюции стал более глубоким под влиянием выдающегося генетика Николая Владимировича Тимофеева-Ресовского. В результате в 1969 году появилась книга «Краткий очерк теории эволюции», написанная Н.В. Тимофеевым-Ресовским, Н.Н. Воронцовым и А.В. Яблоковым (второе издание – в 1977 г.), а также учебник для университетов «Эволюционное учение», написанный А.В. Яблоковым в соавторстве с А.В. Юсуфовым (первое издание – в 1976 г., пять переизданий – в 1981-2006 гг.).
На протяжении всего своего научного пути Алексей Владимирович уделял много внимания вопросам охраны природы. Его первая публикация на эту тему – брошюра Общества «Знание» о проблемах охраны природы, написанная в 1958 году в соавторстве с известным ботаником Г.Г. Боссэ. В 1965 году вышла научно-популярная книга «Загадка океана» В.М. Бельковича, С.Е. Клейненберга и А.В. Яблокова (вскоре переизданная и переведенная в ряде стран). В ней рассказано о китах и дельфинах и в том числе об их промысле. Авторы писали: «Промысел дельфинов – варварство и кощунство. Он должен быть прекращен немедленно». Этой книге удалось сделать то, чего не смогли сделать многочисленные научные записки в адрес правительства: добыча дельфинов в Азово-Черноморском бассейне была запрещена.
Особенно много внимания проблемам охраны живой природы А.В. Яблоков стал уделять с конца 1970-х годов. В сводках «Охрана животного мира: проблемы и перспективы» (1980) и «Охрана живой природы. Проблемы и перспективы» (1983), написанных в соавторстве с С.А. Остроумовым, а также в «Словаре терминов и понятий, связанных с охраной живой природы» (1982) в соавторстве с Н.В. Реймерсом сформулированы положения, важные для теории охраны природы. Семь аксиом теоретических основ охраны живой природы (Яблоков, Остроумов, 1983) остаются актуальными и по сей день.
От научного пути трудно отделить его исследования влияния всякого рода загрязнений (сначала пестицидов, позже – радиационного загрязнения) на окружающую среду. Яблоковым определены научные основы концепции экологической безопасности и предложена оригинальная трактовка понятия устойчивого развития.
В науке Яблоков был первопроходцем, не столько разработчиком чужих идей, сколько генератором собственных. Его личный вклад в науку велик, но немалый вклад внесен и теми, кто находился под его влиянием. Работать вместе с ним и рядом с ним всегда было интересно.
Представляется, что сейчас судьба российской науки в значительной мере определяется тем, найдутся ли в ней люди, подобные А.В. Яблокову, способные выдвигать оригинальные идеи, привлекать группы исследователей для их разработки и отстаивать свою позицию.