По словам главы Минэкологии Александра Когана, заказник создается с целью сохранения старовозрастных хвойных лесов, а также редких видов местной флоры и фауны. Здесь растут охраняемые в Московской области щитовник буковый, плауны, ландыш, а также занесенный в Красную книгу России башмачок настоящий. На территории будущего заказника гнездятся редкие перепелятник, неясыть и серый сорокопут.
Арюшина гора и ее окрестности – одно из немногих заповедных мест региона, где сохранились глухариные и тетеревиные тока. Эти виды птиц также постепенно исчезают: например, в ходе последнего исследования, проведенного специалистами Приокско-Террасного биосферного заповедника, на протяжении 52-километрового маршрута удалось обнаружить лишь одного тетерева и двух глухарей.
По мнению экологов, лесной массив, который окружает Арюшину гору, находится под угрозой из-за массовой вырубки леса и прокладки дорог для вывоза древесины. Его удастся сохранить только с помощью создания здесь ООПТ.