До присоединения к России в Крыму не было жесткой иерархии подчинения природоохранных территорий: в зависимости от своей специфики заповедники, нацпарки и заказники подчинялись либо Национальной академии наук Украины, либо Минприроды Украины, либо Минобразования Украины. После референдума и присоединения к России заповедники были переданы Рескомлесу (аналог российского Рослесхоза), и руководители национальных парков ожидали, что к 2015 году (окончанию срока переходного периода) их определят под федеральное управление. Сейчас крымским заповедникам и паркам запрещено брать плату за экскурсии по решению местных властей.
Общая площадь охраняемых территорий в Крыму составляет 155 тысяч га, это 5,7% от площади полуострова.