На территории России Международный день очистки водоёмов появился на восемь лет позже, чем во всём мире, – в 2003 году. Изменилась и дата его проведения. За границей мероприятие проходит в начале осени, а в России, где во многих регионах климатические условия более суровые, – в первые выходные июня.
Основные идейные вдохновители, организаторы и участники «праздничных мероприятий» Международного дня очистки водоёмов в России – дайверы. В этот день региональные клубы подводного плавания выезжают на местные водоемы, чтобы очистить берега и дно. В ряде городов данные мероприятия проходят при поддержке местных администраций (которые, например, организуют вывоз мусора).
Участие в Дне очистки водоёмов является добровольным. Для того чтобы поддержать в людях спортивный азарт и придать субботнику дух праздника, во время очистных работ обычно организуют соревнования между командами.