Заказников такого типа в столице раньше не было. Их организуют в местах обитания редких, находящихся под угрозой исчезновения или уязвимых видов животных. Так, на территории Братеевской поймы зарегистрировано уникальное для столицы разнообразие птиц — 174 вида. Местные условия оптимальны для многих пернатых, обитающих на болотах, крупных водных объектах, лугах, а также в лесах. Здесь живут красноголовый нырок, хохлатая чернеть, чирок-трескунок, шилохвость, широконоска, камышница, озерная чайка и многие другие. Также эта территория привлекает птиц во время кочевок, сезонных миграций и в зимний период.
Среди животных, встречающихся в пойме, — 63 вида, занесенных в Красную книгу города Москвы.